Il gatto certosino è una delle razze feline più antiche, con origini presumibilmente nelle regioni montuose della Turchia e dell'Iran. Si ritiene che sia stato importato in Francia dall'Oriente dai crociati di ritorno dalla Terra Santa.
Le prime menzioni di gatti blu-grigi in Francia risalgono al XVI secolo. Nel 1558, il poeta Joachim du Bellay scrisse una poesia intitolata Vers Français sur la mort d'un petit chat, citando il suo gatto grigio. Tuttavia, solo nel 1723 compare il nome "Chartreux/Certosino", quando Jacques Savary des Brûlons lo menzionò nel Dictionnaire universel de commerce. Un altro riferimento al gatto certosino si trova nel Systema Naturae del 1735 di Linneo, il quale lo descrisse come Catus coeruleus (gatto blu), considerandolo una specie distinta.
Nel periodo moderno, l'allevamento del certosino iniziò negli anni '30 grazie a Christine e Suzanne Léger, che iniziarono ad allevare gatti blu sull'isola francese di Belle-Île-en-Mer. La loro gatta Nora fu dichiarata "il più bel gatto certosino del mondo" all'esposizione di Parigi. Nello stesso periodo, si sviluppò un allevamento di gatti blu nella zona del massiccio centrale francese, caratterizzati da alcune differenze fisiche e una corporatura più robusta rispetto a quelli di origine atlantica.
Dopo la Seconda Guerra Mondiale, il numero di gatti certosini e gatti di razza British Shorthair blu si ridusse drasticamente. Pertanto, furono effettuati numerosi incroci tra le due razze, fino a quando la FIFe (Federazione Internazionale Felina) decise di creare un unico standard condiviso per Chartreux e British. Tuttavia, negli anni '70 del Novecento, grazie agli sforzi di Jean Simonnet e di altri allevatori francesi, la FIFe tornò a considerare le due razze come distinte, vietando ulteriori incroci.
In Italia, i primi gatti certosini furono introdotti da Giorgio Tonelli. Dopo accurate ricerche in Francia, portò in Italia Cervin ed Electron de Labelrousse. Nel 1988, dalla loro unione con Caterina di Gioel, nacque la prima cucciolata italiana di certosini.